MDS发病原因尚未明了，患者常有明显发病诱因，如频繁接触苯类芳香烃化合物、化疗药物尤其是烷化剂、放射线及环境污染等生物、化学、物理等因素均可能诱导发生基因突变而导致MDS的发生。从现代医学研究证实，MDS是一种源于造血干/祖细胞水平的克隆性疾病。特别是MDS较晚期RAEB、RAEB-II型患者，其发病原因与白血病类似。亦有实验表明，此类型的MDS发病可能与反转录病毒的作用、细胞原癌基因的突变、抑癌基因的缺失或表达异常等因素有关。